Nel 1470 l'architetto Antonio Zurlengo rinnovava il coro, parte del convento e la sacristia. Verso la metà del secolo XVI furono aggiunte alcune cappelle ed altari non rimanendo intatte delle sue forme primitive che la fronte e il campanile e il portico del chiostro a sera della chiesa.
SECONDO ALTARE. - L'Arcangelo Michele del Gandini. Una Deposizione, antico affresco, avanzo di quelli che in origine adornavano la chiesa: è d’ignoto pennello, ma forse prezioso monumento dell’arti bresciane del sec. XIII.
TERZO ALTARE. - S. Margherita di Cortona, S. Gerolamo e S. Francesco; Moretto (1530).
QUINTO ALTARE. - Antica imagine di S. Francesco d'Assisi.
SESTO ALTARE. - S. Pietro pericolante nella nave, Antonio Gandini.
ALTARE MAGGIORE. - La tavola ad olio è fra i più robusti e tizianeschi dipinti di Gerolamo Romanino e degna cornice al dipinto è la soasa intagliata dal bresciano Stefano Lamberti. Ai lati del presbitero la strage degl'Innocenti e il martirio di S. Margherita sono del Bagnadore. Nella mensa dell'altare ammirasi un bassorilievo figurato, lavoro in marmo della fine del secolo XV.
OTTAVO ALTARE. - I due quadri laterali sono dipinti dal Maffei e dal Lucchese; coloriva il primo l’apparizione di S. Antonio di Padova ad un giudice ; il secondo una famiglia che ringrazia quel santo pel ritorno di un figlio campato dai masnadieri.
Sulla vicina porta la Beata Vergine e S. Felice di Valois, Francesco Paglia.